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优化End-Stacking提供特异性N-Methyl Mesoporphyrin第九人类端粒G-Quadruplex DNA

文档类型

文章

出版日期

12-19-2012

发表在

美国化学学会杂志》上

文摘

N-Methyl mesoporphyrin第九(NMM)异常选择性G-quadruplexes (《GQ》)相对于双螺旋DNA和,因此,找到了一个广泛的应用在生物和化学。此外,平行和反平行的GQ折叠NMM是有选择性的,就像最近展示了在我们的实验室。下面,我们介绍x射线晶体结构之间的一个复杂NMM和人类端粒DNA dAGGG (TTAGGG) (3), Tel22,决定在两个空间组织,P2 (1) 2 (1) 2、P6分别在1.65和2.15埃分辨率。前者是人类的最高分辨率结构DNA端粒的《GQ》报道。生物单元包含一个Tel22二聚体的5 ' 5 '堆叠parallel-stranded四倍的上限与NMM两端,支持光谱方法确定1:1化学计量学。NMM能够调整其macrocycle几何匹配的终端G-tetrad介子堆垛效率所必需的。的出平面N-methyl群NMM完全符合平行的中心《GQ》核心与钾离子。相比之下,N-methyl组与双螺旋DNA的相互作用或反平行的《GQ》会导致空间冲突,防止NMM绑定到这些结构,从而解释了其独特的选择性。生化数据的基础上,结合NMM Te122并不依赖于相对特异性的静电相互作用,哪些特征最规范的《GQ》配体,而是在本质上是疏水的。NMM-Tel22复杂的结构特点发现这里描述将作为指导方针,开发新的四倍的配体有良好的亲和力和选择性精确定义。

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